重庆大学从2000年起通过人才引进和培养，依托原有生物医学工程一级学科硕士、博士学位点，于2003年获得了植物学、微生物学、细胞生物学、生物物理等4个二级学科硕士点，2005年获得了生物学一级学科硕士点；2006年由教育部批准设立了植物学二级学科博士点，2011年批准设立了生物学一级学科博士点；2008年教育部批准招收生物科学本科，2012年人社部批准设立了生物学博士后流动站。2006年植物学科成为重庆市重点学科，2011年生物学一级学科建设成为重庆市重点学科。从此，建立了完整的本科——硕士——博士——博士后的人才培养和学科体系。
重庆大学生物学学科以“学术为先，人才为本”为理念，以“研究生命科学、造就尖端人才、服务人类健康”为宗旨，瞄准重庆、西南和国家在现代农业重大病虫害绿色防控、转基因食品安全检测和三峡库区生命健康等方面的重大社会需求，解决关键科学技术问题，取得原创性研究成果，攻克关键技术，满足国家和地方战略需求，为国家和地方经济建设作贡献。同时，培养能够扎根重庆、立足西南、面向全国、服务社会的生物学高级人才。
本学科形成微生物学、植物学、遗传学、生物化学与分子生物学、细胞生物学、生物物理学等6个主要培养方向。
1）微生物学：微生物是工业发酵、医学卫生、生物工程等领域的基础，在《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》中是能源资源和环境保护技术、生物技术等战略领域的重要内容，涉及到农业、食品和医药卫生等行业中的优先发展主题。本学科以杀虫真菌为生物模式系统，主要研究内容集中在：（1）杀虫微生物重要性状形成机制研究与杀虫微生物农药研制；（2）食源性病原微生物的致病机制及快速监测技术研究；（3）酿造微生物及应用技术研究。
2）植物学：主要集中在植物重要功能基因的发掘和应用、植物的生长发育过程及其调控分子机制研究等，以期为农作物品种改良、农产品的成熟衰老调控提供重要依据。农作物遗传改良和农产品成熟衰老机理及物流技术研究被《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》确定为面向国家重大战略需求的重点内容。本学科以番茄、马铃薯和水稻为模式生物，研究集中在：（1）植物激素调控植物生长发育的分子机制研究；（2）农作物品质形成机理及遗传改良研究；（3）农作物抗逆性调控分子机理研究；（4）农产品冷链物流技术研究。
3）遗传学：本学科的研究方向主要集中在进化与功能基因学，重点开展生物性状形成的分子机制和特异基因功能研究，转座子的鉴定和比较基因组学研究。本学科研究以家蚕等昆虫为模式生物，研究主要集中在：（1）家蚕驯化性状的分子解析；（2）昆虫比较与进化基因组学研究；（3）家蚕及其它昆虫重要功能基因发掘及利用研究。
4）生物化学与分子生物学：致力于从分子水平揭示生命现象的本质，本学科是当今生物学研究的前沿和热点。在《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》中，基因操作和蛋白质工程技术研究被确立为优先发展的前沿技术和重大科学研究计划，人类健康与疾病的生物学基础为面向国家重大战略需求的基础研究。学科团队根据国家需求，选择既具有重要理论意义，又对国民经济发展有重大价值的课题开展研究，本方向研究主要集中在：（1）生物体内重要蛋白质的功能研究；（2）生物体内的基因表达调控机制研究；（3）基因工程技术研究；（4）重要疾病的分子调控机制研究。
5）细胞生物学：主要从细胞、亚细胞和分子水平三个层次上，研究细胞的结构、功能和各种生命规律，揭示各种疾病的发生、发展过程及其分子机制。本方向主要研究内容包括：（1）应用基因干涉、基因编辑等生物技术阐明血管稳态与重构过程中的分子调控机制，揭示缺血性心血管疾病发病机制，探讨建立针对缺血性心血管疾病治疗的血管再生治疗新方法；（2）解析肿瘤发生发展过程中肿瘤血管新生以及肿瘤代谢的调控机制，为肿瘤临床早期诊断以及预防治疗提供新的诊断方法和治疗靶点；（3）非编码RNA (Non-coding RNA, ncRNA)在肿瘤转移中的分子调控机制以及ncRNA对成体干细胞和肿瘤干细胞的调控机制研究，同时探讨ncRNA在血管再生治疗和肿瘤治疗方面的生物医药应用研究。（4）肿瘤细胞、干细胞力学生物学行为的调控及机理研究。
6）生物物理学：是物理学与生物学相结合的一门交叉学科，主要应用物理学的方法研究生物各层次结构与功能的关系、生命活动的物理化学过程及物质在生命活动过程中的表现等，阐明生物在一定的空间、时间内有关物质、能量与信息的运动规律。这一领域的研究不仅关注生命科学基本问题的阐释，也涉及有关转化医学和生物仪器设计的应用基础研究。本方向主要开展研究：（1）利用光、电等物理传感信息在组织、细胞、分子层面展开生物学研究；（2）构建纳米粒子、纳米器件与芯片在组织、细胞、分子层面展开生物学研究；（3）应力/应变与细胞生长行为调控及力信号转导机理的研究；
经过多年的建设，本学科已在农业害虫防治与药物创新、植物激素信号转导、果实成熟衰老机制、生物功能性膜蛋白的表达纯化及功能研究、癌症发生机理研究、家蚕驯化基因组学和功能基因组学等研究领域初具特色和规模，在国内外发表了大量有影响的论文，具有一定的学术影响力。
